測序儀進行pcr測序反應的操作步驟： (1) 取0.2ml的pcr管，用記號筆編號，將管插在顆粒冰中，按下表加試劑：
所加試劑 測定模板管 標準對照管
bigdye mix 1μl 1μl
待測的質粒dna 1μl －
pgem-3zf (+) 雙鏈dna － 1μl
待測dna的正向引物 1μl －
m13(-21)引物 － 1μl
**去離子水 2μl 2μl
總反應體積5μl，不加輕礦物油或石蠟油，蓋緊pcr管，用手指彈管混勻，稍離心。
(2) 將pcr管置于9600或2400型pcr儀上進行擴增。98℃變性2min后進行pcr循環，pcr循環參數為96℃ 10s，50℃ 5s，60℃4min，25個循環，擴增結束后設置4℃保溫。
(3) 醋酸鈉/乙醇法純化pcr產物
(4) 電泳前測序pcr產物的處理
(5) 分析或打印出彩色測序圖譜
(6) 序列分析：儀器將自動進行序列分析，并可根據用戶要求進行序列比較。如測序序列已知，可通過序列比較以星號標出差異堿基處，提高工作效率
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